Celková rozloha územia, ktoré Správa Pieninského národného parku zabezpečuje z hľadiska ochrany prírody krajiny v zmysle Rozhodnutia ministra životného prostredia SR č. 36/2000-4, je 146 391 ha. Pieninský národný park so svojou rozlohou 3 750 ha z tejto plochy zaberá  necelé 3 %, jeho ochranné pásmo (22 444 ha) predstavuje  z tejto výmery 15 %. Zvyšné územie okresov Kežmarok a Stará Ľubovňa, ktoré netvoria súčasť Tatranského národného parku a jeho ochranného pásma,vo výmere 120 197 ha kompetenčne patrí tiež do pôsobnosti Správy Pieninského národného parku.

Celkový podiel jednotlivých stupňov ochrany prírody a krajiny v územnej pôsobnosti Správy PIENAP-u k 31. 5. 2004 bol nasledovný:

  1. stupeň  –  82,0 %
  2. stupeň  –  15,3 %
  3. stupeň  –    2,1 %
  4. stupeň  –    0,1 %
  5. stupeň  –    0,5 %

Vo voľnej krajine sa nachádzajú:

  • maloplošne chránené územia

  • chránené stromy