Celková rozloha územia, ktoré Správa Pieninského národného parku zabezpečuje z hľadiska ochrany prírody krajiny v zmysle Rozhodnutia ministra životného prostredia SR č. 36/2000-4, je 146 391 ha. Pieninský národný park so svojou rozlohou 3 750 ha z tejto plochy zaberá  necelé 3 %, jeho ochranné pásmo (22 444 ha) predstavuje  z tejto výmery 15 %. V územnej pôsobnosti Správy PIENAP-u bolo  vyhlásených celkom 19 osobitne chránených častí prírody v kategóriách prírodná rezervácia, prírodná pamiatka,  chránený areál, chránené stromy a  skupina chránených stromov.

Ochranné pásmo Pieninského národného parku spadá do geomorfologickej jednotky Spišská Magura. Spišská Magura vznikla mohutným vrásnením koncom starších treťohôr. Jej centrálno – karpatský flyš tvorí ílovcovo a pieskovcovo – ílovcové súvrstvie. Pohorie je rozdelené na západnú a východnú časť sedlom Magura (956 m). Najvyšší bod je v západnej časti, Repisko (1259 m). Charakteristickým rysom Spišskej Magury sú plošné, hlboké a prúdové zosuvy, ktoré vznikli pri silných zrážkach a topení snehu.

Väčšie kryhové zosuvy zahradili korytá dolín tak, že podnietili vznik jazier: PR Jezerské jazero, PR Veľké osturnianske jazero, PR Malé jazerá, PP Jazero. V pleistocéne sa Spišská Magura nachádzala v tzv. periglaciálnej zóne, striedali sa tu chladné obdobia s teplejšími a vlhkejšími, takže nebola zaľadnená.

Vyvinulo sa tu niekoľko pôdnych typov, najrozšírenejšie sú hnedé lesné pôdy: rendziny typické, hnedé a protorendziny.

Územie Spišskej Magury patrí do obvodu východobeskytskej flóry západokarpatskej oblasti. Živočíšstvo patrí do zóny lesnej západokarpatskej fauny pelearktickej oblasti, sú tu bežné druhy poľovnej zveri: jeleň obyčajný (Cervus elaphus), srnec hôrny (Capreolus capreolus), sviňa divá (Sus crofa) a mnohé ďalšie.

V ochrannom pásme národného parku sa nachádzajú tri prírodné rezervácie (PR) a jedna prírodná pamiatka (PP).

P. č. Názov územia Rok vyhlásenia Kategória Výmera (ha)
1. Jezerské jazero 1967 PR 2,18
2. Veľké osturnianske jazero 1984 PR 45,51
3. Malé jazerá 1984 PR 6,31
4. Jazero 1984 PP 3,47