Pracovníci Správy PIENAP-u sú zapojený do celoslovenského monitorovania a zberu dát o vybraných druhoch a biotopoch . Monitoring môžeme definovať ako cieľavedomú a dlhodobú činnosť, zameranú na pravidelné či nepravidelné zisťovanie určitého stavu alebo javu za účelom jeho vyhodnotenia. Umožňuje nám zaznamenávať zmeny, ktoré prebiehajú v dlhšom časovom období. Na základe vedecky podložených monitorovacích schém a dôsledne prepracovanej metodiky môžeme dosiahnuť exaktné výsledky, ktoré nám poskytujú cenné informácie o trendoch vývoja stavu chránených druhov, biotopov a území, a tým fundovane pomáhajú pri riadení starostlivosti (manažmentu) o ne. Aj navonok prepracovaný manažment biotopov či druhov je totiž spochybniteľný, pokiaľ sa neopiera o zhodnotenie jeho stavu. Túto vedomosť nám poskytujú výsledky monitoringu, ktoré tak pomáhajú pri správnom nastavení zamýšľaných opatrení.

Základným princípom monitoringu je zber dát týkajúcich sa stavu jednotlivých druhov a biotopov priamo v teréne pri použití rovnakých metód a na tých istých plochách, tzv. trvalých monitorovacích lokalitách (TML). Uvedeným princípom sa monitoring odlišuje od klasického mapovania v teréne. Zo smernice Rady č. 92/43/EHS z 22. mája 1992 o ochrane biotopov, voľne žijúcich živočíchov a rastlín (ďalej len smernica o biotopoch) vyplýva záväzok starostlivosti o územia NATURA 2000 (predovšetkým článok 6 smernice o biotopoch), ako aj tzv. druhová ochrana pre vybrané druhy rastlín a živočíchov (články 12 – 16 smernice o biotopoch) a dôležitým je predovšetkým článok 11, v ktorom sa uvádza povinnosť monitorovania stavu biotopov a druhov uvedených v prílohách smernice. Predmetom monitoringu je 66 typov biotopov, 146 druhov živočíchov a 49 druhov rastlín európskeho významu. Výkon monitoringu sa uskutočňuje na viac ako 10 000 monitorovacích lokalitách v rámci celého Slovenska. V nasledovných častiach sa v grafoch a tabuľkách zobrazuje aktuálny stav podľa zozbieraných výsledkov vyhodnotený dynamicky podľa toho ako pribúdajú údaje do databázy. Štatistické údaje sú aktualizované v 24 hodinových intervaloch. Údaje sú dostupné na www.biomonitoring.sk.

Tento web slúži zároveň aj ako databáza, do ktorej pracovníci Správy ukladajú údaje zaznamenané v teréne. Okrem monitoringu stavu vybraných druhov na tzv. TML-kách, pravidelne monitorujeme napr. výskyt prípadne šírenie inváznych druhov v územnej pôsobnosti Správy. Vykonávame pravidelnú inventarizáciu jasoňa červenookého (Prnassius apollo) – viac tu. V jarnom a letnom období  monitorujeme  prílety bociana bieleho (Ciconia ciconia), ich hniezdenie a počet mláďat na hniezdach v územnej pôsobnosti. Rovnako sa zameriavame na hniezdenie dravých vtákov. Údaje zaznamenávame na www.biomonitoring.sk a tiež na www.bociany.sk. V jesennom a zimnom sa zameriavame najmä na mapovanie výskytu veľkých šeliem v území – medveď hnedý (Ursus arctos), vlk dravý (Canis lupus), rys ostrovid (Lynx lynx).