Pieniny nikdy nezasiahol súvislý kontinentálny – severský ani lokálny horský – tatranský ľadovec. Preto tento priestor bez ľadovca poskytol životné prostredie mnohým druhom na ich nerušený vývoj. To spôsobilo, že sa tu zachovali druhy, ktoré sa inde nevyskytujú. Mnohé druhy boli dlho považované za endemity Pienin. Až s rozvojom výskumu flóry vzdialenejších území sa zistilo, že rastú aj inde a preto nejde o pravé endemity. Takéto druhy, ktoré sa zriedkavo vyskytujú vo výrazne ohraničených areáloch na inom území, sú subendemity.

Endemity sú druhy, ktoré sú rozšírené len na určitom, ohraničenom území a nikde inde. Zastúpenie endemitov úzko súvisí so zmenou klímy v ľadovej a poľadovej dobe ako aj izolovanosťou spoločenstiev, rastlinných a živočíšnych druhov vo forme klimaticky a geologicky ohraničených areálov napr. ostrovov, pohorí.

Glaciálny relikt je pozostatok z doby ľadovej. Je to organizmus, ktorý bol v ľadových dobách rozšírený, ale spolu s ústupom ľadovcov a zmenou klímy skoro vymizol. Zostal zachovaný len na klimaticky a geologicky vhodných stanovištiach.

Endemity a subendemity vyskytujúce sa v Pieninách rozdeľujeme na pieninské, západokarpatské a karpatské.

Pravé pieninské endemity sú púpava pieninská (Taraxacum pieninicum) a horčičník pieninský (Erysimum pieninicum). Púpava pieninská je zatiaľ potvrdená len z poľskej strany Pienin. Za najvýznamnejší endemický druh bola dlho považovaná chryzantéma pieninská (Dendranthema zawadskii), no neskôr sa zistil jej výskyt aj na ďalších lokalitách v Rusku a to v okolí Kurska, Orla, pri Archangelsku a na východ od Uralu.

Medzi západokarpatské endemity patrí nevädza Triumfettova úzkolistá (Cyanus triumfetti subsp. dominii), horčičník Witmannov (Erysimum wittmannii), soldanelka karpatská (Soldanella carpatica), bodliak laločnatolistý (Carduus lobulatus), klinček včasný (Dianthus praecox  subsp. praecox).

Západokarpatské subendemity zastupuje bodliak sivý (Carduus defloratus subsp. glaucus), rožec roľný tatranský (Cerastium arvense subsp. glandulosum), chrastavec Kitaibelov (Knautia Kitaibelii).

Ku karpatským endemitom patrí skalničník srstnatý bledozelený (Jovibarba globifera subsp. glabrescens), materina dúška ozdobná (Thymus pulcherrimus), rimbaba karpatská (Pyrethrum clusii), soldanelka horská pieninská (Soldanella pseudomontana subsp. pieninica). Medzi karpatské subendemity patrí margaréta okrúhlolistá (Leucanthemum rotundifolium), kostihoj srdcovitolistý (Symphytum cordatum), zubačka žľaznatá (Dentaria glandulosa).

Veľmi cenný je výskyt borievky netatovej (Juniperus sabina) v Pieninách, kde sa nachádza jej severná hranica rozšírenia v Európe.